Původní bazilika byla v 1. polovině 7. století zničena v důsledku perského nebo arabského vpádu. Biskup Arculf, který místo navštívil kolem roku 670, už nenašel žádné stojící budovy, jen vyvrácené sloupy. Mozaiky kostela pocházejí z poloviny 4. století, slavná mozaika s chlebem a rybami je pravděpodobně z počátku 5. století. Ničení kostela je záležitostí i 21. století – židovští extrémisté v roce 2014 a 2015 způsobili na kostele škodu ve výši 1,6 mil. €
